Depuis 1995, Cistude Nature œuvre à la protection de la nature à travers les programmes de conservation d’espèces, la synthèse des connaissances de répartition des espèces à toutes les échelles du territoire, ou la gestion écologique d’espaces naturels. L’association a aussi une mission de sensibilisation à la préservation de la biodiversité et des milieux naturels, à travers des actions qu'elle anime dans les temps scolaires ou de loisirs, ou le grand public. À destination de tous, Cistude Nature édite ou produit des ouvrages, des films, des expositions et des mallettes pédagogiques.