Agréées par les pouvoirs publics au titre de la protection de l’environnement, la SEPANSO Aquitaine et ses sections départementales interviennent sous différentes formes, que ce soit en ayant un rôle d’alerte, en participant à de nombreuses commissions de concertation, en étant forces de propositions et en informant le public au moyen d’outils de sensibilisation.

Depuis 1995, Cistude Nature œuvre à la protection de la nature à travers les programmes de conservation d’espèces, la synthèse des connaissances de répartition des espèces à toutes les échelles du territoire, ou la gestion écologique d’espaces naturels. L’association a aussi une mission de sensibilisation à la préservation de la biodiversité et des milieux naturels, à travers des actions qu'elle anime dans les temps scolaires ou de loisirs, ou le grand public. À destination de tous, Cistude Nature édite ou produit des ouvrages, des films, des expositions et des mallettes pédagogiques.